Nếu tính trong tổng giá trị sản phẩm quốc nội (GDP) thì cước phí vận tải của Việt Nam cao hơn Mỹ, còn so sánh riêng trong lĩnh vực vận tải đường bộ thì chi phí này cao hơn Trung Quốc và các nước khu vực Đông Nam Á.
Theo quy định hiện hành, nhà nước không thực hiện kiểm soát giá đối với giá cước vận tải thông thường, việc xây dựng giá cước vận tải do các doanh nghiệp, hợp tác xã chủ động xây dựng phương án giá theo thị trường và đăng ký kê khai giá cước với các cơ quan quản lý nhà nước trước khi áp dụng thu cước theo quy định.
Dựa trên kết quả nghiên cứu tại báo cáo Tạo thuận lợi thương mại, tạo giá trị và năng lực cạnh tranh của Ngân hàng thế giới (năm 2013) thì chi phí logistic của Việt Nam còn tương đối cao so với các nước trong khu vực và trên thế giới, ước tính vào khoảng 20,7% so với tổng giá trị sản phẩm quốc nội (GDP) trong khi tỷ lệ này của của Mỹ 7,7%, của Singapore là 8%, các nước thuộc khối EU là 10%, Nhật 11%, tỷ trọng này cũng cao hơn các nước đang phát triển trong khu vực như Thái Lan (khoảng 18%), Trung Quốc (khoảng 19%).
Nếu lấy tỷ lệ chi phí vận tải trong tổng chi phí logistic là 56% như nghiên cứu Chiến lược phát triển giao thông vận tải Việt Nam do JICA thực hiện năm 2010 (VISSTRAN 2) thì chi phí vận tải ở nước ta hiện đang chiếm khoảng 11,8% tổng giá trị sản phẩm quốc nội.
Tại Việt Nam, đường bộ vẫn đóng vai trò chủ đạo trong vận tải hàng hóa, trong khi các loại hình vận tải khác chưa khai thác hết tiềm năng
Các nghiên cứu trên đều lý giải nguyên nhân khiến chi phí vận tải chiếm tỷ trọng tương đối cao trong giá thành hàng hóa công nghiệp vì: Vận tải hàng hóa bằng đường bộ vẫn đóng vai trò chủ đạo (khoảng 80% trong toàn ngành vận tải) trong khi đó phương thức vận tải đường biển, đường sông rẻ hơn chưa được phát huy đúng tiềm năng;
Một nguyên nhân khác là do cơ cấu các cấp đường trong kết cấu hạ tầng đường bộ của Việt Nam có nhiều bất cập. So sánh với một số nước trong khu vực như Thái Lan, Philippin thì mạng lưới đường bộ Việt Nam có mật độ cao hơn nhưng tỷ lệ đường bộ có năng lực thông hành lớn (đường cao tốc, đường nhiều làn) thì lại nhỏ, chất lượng mặt đường cũng thấp hơn, khiến cho thời gian vận chuyển bị kéo dài, tải trọng thông hành trên đường thấp, đẩy chi phí vận tải tăng lên.
Cùng với đó, sự phân bố của các vị trí đầu mối logistics như nhà ga, cảng, sân bay chưa thuận tiện cho các khu công nghiệp và vùng sản xuất hàng hóa xuất nhập khẩu. Ví dụ hầu hết hàng hoá xuất nhập khẩu của khu vực đồng bằng sông Cửu Long đều phải kết nối bằng đường bộ qua các cảng thuộc khu vực TPHCM và Bà Rịa-Vũng Tàu.
Khi so sánh giá cước vận tải bằng đường bộ của Việt Nam so với một số nước trong khu vực và trên thế giới thì có thể nhận thấy: Cước phí VTHH của Việt Nam so với các nước trong khu vực và thế giới chỉ ở mức trung bình. Cước phí ở Việt Nam cao hơn Thái Lan và Trung Quốc một chút nhưng lại thấp hơn nhiều so với Nhật Bản và Hàn Quốc. Tuy nhiên, nếu tính mức cước phí này trên mức thu nhập bình quân đầu người thì Việt Nam lại là nước có cước phí vận tải cao nhất, đắt đỏ nhất trong những nước so sánh.
Theo phân tích cước phí và chi phí của các loại hình vận tải hàng hóa ở Việt Nam của Trung tâm nghiên cứu GTVT Việt Đức - Trường Đại học Việt Đức, kết quả tính toán và nghiên cứu tiến hành so sánh cước phí vận chuyển giữa ba phương thức là đường bộ, đường thủy nội địa và đường sắt cho thấy: Khi xem xét cước phí vận tải đường dài (trên 100km) thì cước phí vận tải đường bộ cao gần 3.7 lần so với vận tải thủy nội địa, và vận tải thủy nội địa cao gấp khoảng 2.3 lần so với vận tải sắt. Cước phí vận tải luôn có mối quan hệ tỷ lệ thuận với tổng chi phí vận hành phương tiện.
Rõ ràng, sự phát triển của hoạt động vận tải hàng hóa Việt Nam đã và đang đóng góp tích cực vào sự phát triển của nền kinh tế. Bên cạnh những mặt tích cực, hoạt động vận tải hàng hóa cũng đã bộc lộ một số mặt hạn chế nhất định.
Nghiên cứu của Trung tâm nghiên cứu GTVT Việt Đức - Trường Đại học Việt Đức cũng chỉ ra rằng, để đảm bảo sự phát triển bền vững cũng như nâng cao khả năng cạnh tranh của ngành vận tải hàng hóa Việt Nam, một số giải pháp trước mặt cần tập trung là xây dựng cổng thông tin điện tử về vận tải hàng hóa; xây dựng chiến lược giảm mãi lộ kết hợp với việc tuyên truyền mạnh mẽ đến đội ngũ lái xe tải.
Việc tái cơ cấu thị trường vận tải Việt Nam cũng là một trong những giải pháp quan trọng để giúp ngành vận tải hàng hóa phát triển một cách bền vững. Việc đầu tư nâng cấp cơ sở hạ tầng và đặc biệt là cải thiện chất lượng dịch vụ vận tải của ngành vận tải thủy nội địa và đường sắt sẽ thu hút lượng hàng hóa lớn vận chuyển vận bằng hai phương thức này. Đồng thời qua đó sẽ góp phần phát triển hài hòa, cạnh tranh lành mạnh trong hoạt động vận tải hàng hóa của Việt Nam.